Загадочная группа Шиноби, называется Сора-Нин (Ниндзя Неба) из Страны Неба, делает внезапное нападения на Коноху, потому что Коноха уничтожила почти всю Страну Неба в течение последних мировых войн Шиноби. Группа начала нападения на Коноху, вызывая массовый хаос. Летающие ниндзя пришли с крылато-механическими устройствами для бомбардировки. Некий мальчик приходит информировать Коноху, что его деревня подверглась нападению, и он ищет своего Учителя, который в настоящее время находится в Конохе и ищет кого-нибудь в помощь по спасению его деревни. Команда из 3ех человек, состоящая из Наруто, Сакуры и Хинаты, отправляется, чтобы помочь мальчику. Они сопровождают Амару - мальчика и Шинноо - его Учителя, обратно в деревню.